狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.09.028

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (9): 1692-1696.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.09.028

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狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析

李英杰¹，刘铮铸^1*，巩元芳^1*，徐桂利¹，张磊¹，唐家明¹，段玲欣¹，刘谢荣¹，郭秀玲²，陆奇玉²

（1.河北科技师范学院动物科技学院，秦皇岛 066004；2.河北昌黎县畜牧发展局，昌黎 066600）

收稿日期:2015-01-23 出版日期:2015-09-23 发布日期:2015-09-23
通讯作者: 巩元芳，教授，E-mail：gongyuanfang_2004@163.com；刘铮铸，教授，E-mail：liuzhengzhu@163.com
作者简介:李英杰（1983-），男，河南周口人，硕士生，主要从事动物遗传育种研究，E-mail：15810454825@126.com
基金资助:
国家自然科学基金（31040048；31272412）；河北省高等学校创新团队领军人才培育计划（LJRC004）；河北省自然科学基金（C2013407101）

SNPs Detection of Agouti Gene and Its Associations with Coat Color in Fox

LI Ying-jie¹，LIU Zheng-zhu^1* ，GONG Yuan-fang^1* ，XU Gui-li¹，ZHANG Lei¹，TANG Jia-ming¹，DUAN Ling-xin¹，LIU Xie-rong¹，GUO Xiu-ling²，LU Qi-yu²

（1.College of Animal Science and Technology，Hebei Normal University of Science & Technology，Qinhuangdao 066004，China;2.Animal Husbandry Development Bureau of Changli County of Hebei Province，Changli 066600，China）

Received:2015-01-23 Online:2015-09-23 Published:2015-09-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在探究狐狸刺豚鼠基因（Agouti）多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明，在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs（g.269G>T、g.295C>T、g.325T>G、g.518G>A、g.608C>A和g.846G>A），它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体（25只）在6个位点全部为纯合子基因型，依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型，而北极狐属的所有个体（33只）在这6个位点则均为另一种纯合子基因型，依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型：单倍型Ⅰ（H1：GCTGCG）和单倍型Ⅱ（H2：TTGAAA），分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ（H1）分布于狐属3个狐种的所有受试个体中，单倍型Ⅱ（H2）分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性，但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。

Abstract:

In present study，to investigate the relationship between polymorphism of Agouti gene and coat color in fox，the whole exon 2，whole intron 2 and partial exon 3 sequence of the Agouti gene were sequenced from 58 fox samples，belonging to 5 species of 2 genera.A total of 6 SNPs(g.269G>T，g.295C>T，g.325T>G，g.518G>A，g.608C>A and g.846G>A) in intron 2 were detected firstly，revealing high genetic diversity.All individuals(n=25) of Vulpes vulpe were homozygous at the 6 sites，and the genotype were in order of GG，CC，TT，GG，CC and GG.All individuals(n=33) Alopex lagopus were another homozygous at the 6 sites，and the genotype were in order of TT，TT，GG，AA，AA and AA.Total 2 haplotypes(H1：GCTGCG and H2：TTGAAA) were found at the 6 mutation sites and their frequencies were 42.1% and 57.9%，respectively.H1 was widely distributed in all tested individuals of Vulpes vulpes，but H2 was widely distributed in all tested individuals of Alopex lagopus.Further analysis showed that the detected SNPs and haplotypes were not significant relation to coat color，but speculated that they may be the important functional sites and haplotypes to distinguish Vulpes vulpe and Alopex lagopus.

中图分类号:

S813.3

李英杰，刘铮铸，巩元芳，徐桂利，张磊，唐家明，段玲欣，刘谢荣，郭秀玲，陆奇玉. 狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(9): 1692-1696.

LI Ying-jie，LIU Zheng-zhu，GONG Yuan-fang，XU Gui-li，ZHANG Lei，TANG Jia-ming，DUAN Ling-xin，LIU Xie-rong，GUO Xiu-ling，LU Qi-yu. SNPs Detection of Agouti Gene and Its Associations with Coat Color in Fox[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(9): 1692-1696.

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参考文献

［1］王振勇，刘建柱.特种经济动物疾病学［M］.北京：中国农业出版社，2009.
WANG Z Y，LIU J Z.Disease science of special economic animal［M］.Beijing：China Agriculture Press，2009.（in Chinese）
［2］佟煜仁，张志明.毛皮动物毛色遗传及繁育新技术［M］.北京：金盾出版社，2009.
TONG Y R，ZHANG Z M.New technology for coat color genetics and breeding of fur animal［M］.Beijing：Jindun Press，2009.（in Chinese）
［3］KWON H Y，BULTMAN S I，LOFTIER C，et al.Molecular structure chromosomal mapping of the human Homolog of the agouti gene［J］.Proc Natl Acad Sci USA，1994，91(21)：9760-9764.
［4］KANETSKY P A，SWOYER J，PANOSSIAN S，et al.A Polymorphism in the agouti signaling protein gene is associated with human pigmentation［J］.Am J Hum Genet，2002，70(3)：770-775.
［5］VOISEY J，VAN DAAL A.Agouti：from mouse to man，from skin to fat［J］.Pigment Cell Res，2002，15(1)：10-18.
［6］MILTENBERGER R J，MYNATT R L，BRACE B D，et al.An agouti mutation lacking the basic domain induces yellow pigmentation but not obesity in transgenic mice［J］.Proc Natl Acad Sci U S A，1999，96(15)：8579-8584.
［7］ROYO L J，ALVAREZ I，FERNÁNDEZ I，et al.The coding sequence of the ASIP gene is identical in nine wild-type coloured cattle breeds［J］.J Anim Breed Genet，2005，122(5)：357-360.
［8］RIEDER S，TAOURIT S，MARIAT D，et al.Mutations in the agouti(ASIP)，the extension(MC1R)，and the brown(TYRP1) loci and their association to coat color phenotypes in horses(Equus caballus)［J］.Mamm Genome，2001，12(6)：450-455.
［9］LEEB T，DOPPE A，KRIEGESMANN B，et al.Genomic structure and nucleotide polymorphisms of the porcine agouti signalling protein gene(ASIP)［J］.Anim Genet，2000，31(5)：335-336.
［10］唐春娟，李祥龙，周荣艳，等.山羊Agouti 基因第1 内含子T128 缺失在中国主要地方山羊品种中的变异［J］.畜牧兽医学报，2009，40(3)：320-326.
TANG C J， LI X L，ZHOU R Y，et al.Study on genetic diversity of T128 del in Agouti gene intron 1 in Chinese main indigenous goat breeds［J］.Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica，2009，40(3)：320-326.（in Chinese）
［11］LI X L，ZHAO J W，TANG C J，et al.Sequencing of part of the goat agouti gene and SNP identification［J］.Biochem Genet，2010，48(1-2)：152-156.
［12］张天，张丽英，李祥龙，等.不同毛色山羊皮肤组织Agouti 基因mRNA及其编码ASIP差异表达研究［J］.畜牧兽医学报，2014，45(12)：1932-1938.
ZHANG T，ZHANG L Y，LI X L，et al.Study on differential expression of Agouti gene mRNA and encoding ASIP in goat skin with different coat color［J］. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica，2014，45(12)：1932-1938.（in Chinese）
［13］BERRYERE T G，KERNS J A，BARSH G S，et al.Association of an Agouti allele with fawn or sable coat color in domestic dogs［J］.Mammal Genome，2005，16(4)：262-272.
［14］SAMBROOK J，FRITSCH E F，MANIATIS T.Molecular cloning［M］.NewYork：Cold Spring Habor Laboratory Press，1989.
［15］SHI Y Y，HE L.SHEsis，a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium，haplotype construction，and genetic association at polymorphism loci［J］.Cell Res，2005，15(2)：97-98.
［16］张钦宪，何丽娅，李平法.医学分子生物学［M］.郑州：郑州大学出版社，2003.
ZHANG Q X，HE L Y，LI P F.Medical molecular biology［M］.Zhengzhou：Zhengzhou University Press，2003.（in Chinese）
［17］CHANG K C.Critical regulatory domains in intron 2 of a porcine sarcomericmyosin heavy chain gene［J］.J Muscle Res Cell Motil，2000，21(5)：451-461.

[1]	李春艳, 张彦, 吕春荣, 邓卫东, 权国波. 褪黑素的抗氧化机制及其在哺乳动物精子冷冻保存中的应用研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4468-4476.
[2]	刘爽, 贺丽霞, 马钧, 冯雪, 杨梦丽, 汪书哲, 杨润军, 房希碧, 咸海龙, 王永康, 张路培, 马云. 固原黄牛遗传背景及其体尺指数、肉用指数分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2376-2388.
[3]	杨苏坤, 董依萌, 王洪亮, 赵喜堂, 陈旭, 邢秀梅. 基于mtDNA和Y染色体基因片段的塔河马鹿种公鹿遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2402-2413.
[4]	刘铃, 王丹丹, 崔凯, 马月辉, 蒋琳. 猪繁殖与呼吸综合征抗病育种研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(2): 434-442.
[5]	王宏浩, 任小康, 张毅, 高会江, 车雷杰, 王曦. 基因芯片技术在晋南牛种公牛选育中的应用[J]. 畜牧兽医学报, 2021, 52(10): 2803-2813.
[6]	刘晓倩, 靳兰杰, 董艳秋, 李冬杰, 张萃, 谷书凯, 李世杰. DNA甲基化调控牛AQP1基因的胎盘特异性印记[J]. 畜牧兽医学报, 2021, 52(8): 2181-2189.
[7]	郭潇潇, 李隐侠, 王悦, 张含, 张俊, 钱勇, 孟春花, 王慧利, 仲跻峰, 曹少先. 湖羊PLAG1基因5'调控区多态性及其与早期体重的关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2021, 52(2): 331-343.
[8]	郭健康, 樊自尧, 牛鹏霞, 刘志国, 牟玉莲, 张明睿, 李奎, 王冰源. Ide基因通过AKT调控成肌细胞增殖和分化的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2020, 51(8): 1784-1794.
[9]	姚大为, 马静, 陈丽丽, 王添祯, 孙欢, 宋文芹, 马毅. 干扰PTEN基因对奶山羊乳腺上皮细胞脂质合成相关基因的转录及脂肪酸组成的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2020, 51(4): 851-860.
[10]	崔胜, 林亚秋, 许晴, 朱江江, 王永. 干扰Smad3促进山羊脂肪细胞分化[J]. 畜牧兽医学报, 2020, 51(3): 475-489.
[11]	马静, 姚大为, 杨春蕾, 李秋玲, 王添祯, 陈成彬, 宋文芹, 马毅. 干扰CREB基因对奶山羊乳腺上皮细胞脂质合成相关基因表达及甘油三酯合成的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(12): 2413-2421.
[12]	张萃, 陈玮娜, 李俊良, 谷书凯, 徐达, 李冬杰, 李世杰. LINC24065在体细胞核移植牛中的异常表达[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(1): 44-51.
[13]	王冠楠, 赵宇鹏, 陈玮娜, 张萃, 徐达, 李冬杰, 李世杰. Gab1和Sfmbt2基因在成年普通牛8种不同组织中的印记状态分析[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(6): 1000-1006.
[14]	李丽莎, 彭永东, 郑晓宁, 李祥龙. 山羊PMEL基因启动子活性及转录调控元件分析[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(5): 826-835.
[15]	王继英, 王彦平, 徐云华, 王诚, 蔺海朝, 呼红梅, 武英, 郭建凤. 鲁莱黑猪肌内脂肪含量、脂肪酸组成及其相关性状分析[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(4): 585-594.

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